贵州水文起步于1939年，民国二十八年（1939年），贵州在思南县城成立乌江水文总站，管理所辖水文工作，建制属国民政府经济部，水文业务技术由中央水工试验所（1942年改为中央水利实验处）指导。中华人民共和国成立以后，贵阳市军事管制委员会接管贵州省水文总站及所属水文（位）站与人员。至此，省和地、州、市二级开始以崭新的面貌全面陆续恢复和重新设置专门的水文管理机构。基层水文勘测工作也根据实际工作需要在全省各流域、各水系的主要河段、重要水文勘测点均恢复和重新设置了水文（位）站。1983年5月，全省各地、州（市）水文勘测队（中心站）及其管辖的各水文测站全部上收归贵州省水文总站统一管理。至此以后，贵州省水文组织机构设置基本结束了几番撤、并、几番上收、下放的不稳定格局，顺利走上水文改革与发展道路。2002年6月6日，贵州省委常委会议纪要（九届〔2002〕第7号）文确定：将省水文水资源局明确为省水利厅所属副厅级事业单位，各市、州、地水文水资源局为县级事业单位。2009年11月，贵州省水文水资源局和各市、州、地水文水资源局及所有水文监测站全部列入参照公务员法管理范围。