《贵州省水功能区划》是根据《中华人民共和国水法》第三十二、第三十三条、第三十四条之规定和水利部《并于在全国开展水资源保护规划编制工作的通知》[水资源（2000）58号]要求，由贵州省水利厅组织，按照《全国水功能区划技术大纲》结合贵州省实际情况编制。

《贵州省水功能区划》编制前后历时五年。2000年贵州省水利厅布置贵州省水利水电勘测设计院和贵州省水文水资源局对5000km2以上河流，进行了水功能区划。从2003年2月开始，由贵州省水文水资源局组织各地（州、市）水文水资源局技术人员，对1000km2以上河流，主要城市、经济较发达地区的河流，收集相关资料，补充监测了大量的水质、水量数据，于2003年5月完成了流域面积为1000km2以上河流水功能区划报告初稿；在2004年，对流域面积300～1000km2的河流进行了水量、水质监测，于2005年11月完成了300km2以上河流及主要的河段《贵州省水功能区划》初稿。《贵州省水功能区划》（2006年版）经过审查、修改完善后，上报贵州省人民政府，于2006年8月9日，省人民政府以黔府[2006]117号文批准实施。2007年3月由贵州省水利厅和贵州省环境保护局联合第一次印刷（2006年版）。

2014年，对《贵州省水功能区划》（2006年版）进行了调整，经省政府的批准，《贵州省水功能区划》（2015年版）实施，共印130份，其中电子公文105份。